Bảo tàng Mỹ thuật Boston có những bộ sưu tập đáng chú ý bao gồm:

• Các công cụ của người Hy Lạp như các sản phẩm điêu khắc, quan tài bằng đá, đồ trang sức.
• Các tác phẩm thuộc trường phái ấn tượng và hậu ấn tượng Pháp như D'où venons-nous? Que sommes-nous? Où allons-nous? của Paul Gauguin và các tác phẩm của các nghệ sĩ khác như Édouard Manet, Pierre-Auguste Renoir, Edgar Degas, Claude Monet, Van Gogh, Paul Cézanne và nhiều nghệ sĩ khác.
• Các tác phẩm nghệ thuật thế kỷ 18 - 19 của Mỹ của các tác giả như John Singleton Copley, Winslow Homer và John Singer Sargent.
• Bộ sưu tập của nhà đông phương học Edward S. Morse bao gồm 5000 sản phẩm gốm Nhật Bản, đây là bộ sưu tập đồ cổ lớn nhất ngoài Nhật Bản.
• Triển lãm tranh tại khu vườn Nhật Bản bên ngoài bảo tàng.
• Nơi đây còn thường xuyên tổ chức các triển lãm, nổi tiếng nhất là triển lãm "Art of Star Wars" (Nghệ thuật các cuộc chiến tranh vì sao) năm 2002, thu hút 1.652.000 khách tham quan.

• D'où venons-nous? Que sommes-nous? Où allons-nous? của Paul Gauguin (1897)
• Watson and the Shark của John Singleton Copley
• King Mycerinus (Menkaura) and his queen
• Chân dung bà Cézanne của Paul Cézanne